أمّا قصة وفاة سيدنا يحيى عليه السلام فقد تضاربت فيها الأقوال والروايات ولكن الإجماع فيها على أنه قُتِل عليه السلام ولم يمت موتاً طبيعيأ ، وقد قتله الملك هيرودس –أحد ملوك ذلك الزمان – وقصّة القتل أنّ ذلك الملك أراد الزواج من إحدى محارمه وهو أمر محرّم عليه زواجها وكان النبيّ يحيى عليه السلام مخوّفا لهم من الفعل الشنيع والمنكر الفظيع الذي ينوي الملك فعله وتنوي تلك الفتاة الاقبال عليه ، وكان بينها وبين الملك حبّا ورغبة في الزواج وكان يحيى عليه السلام كعادة الانبياء الكرام آمرين بالمعروفين ناهين عن المنكر حتى لو بُذلت الأرواح والمُهَج في سبيل ذلك ، فما كان من تلك الفتاة إلّا أن طلبت من الملك أن يقتل لها يحيى عليه السلام برهاناً على صدق المحبّة ومقربة لها فما كان منه الأ أن ارسل اليه من قتله وقطع رأسه الشريف وأتاها به في طست ووضعه بين يديها عليهم اللعنة والغضب ولا حول ولا قوة الا بالله.