ليس هناك دعاء محدد يقال عند دخول المدينة المنورة،ولكن يمكن أن تدعو بالدعاء المأثور عن النبى صلى الله عليه وسلم عند دخول المدن والبلاد وهو : عن صهيب رضى الله عنه أن النبى صلى الله عليه وسلم لم ير قرية يريد دخولها إلا قال حين يراها :اللهم رب السماوات السبع وما أظللن، ورب الأرضين السبع وما أقللن، ورب الشياطين وما أضللن، ورب الرياح وما ذرين،فإنا نسألك خير هذه القرية وخير أهلها،ونعوذ بك من شرها وشر أهلها وشر ما فيها.