تبلغ مساحة البحيرات المرة مجتمعة حوالي 250 كيلومتر مربع. كما تمر قناة السويس شمالا ببحيرة المنزلة وبحيرة التمساح. بما ان القناة ليس لها أبواب، فان مياه البحر تتدفق إلى البحيرة من البحر الأبيض المتوسط والبحر الأحمر بحرية، لتحل محل المياه المفقودة نتيجة البخر.