تصنف البكتيريا حسب طريقة تغذيتها الى:
- بكتيريا ذاتية التغذية: وهي البكتيريا التي تحصل على غذائها من عناصر او مركبات غير عضوية مثل ثاني اكسيد الكربون، النيتروجين، او الكبريت وتشمل نوعين هما: أ- ذاتية التغذية ضوئية: تستخدم الطاقة الضوئية للقيام بعملية البناء الضوئي مثل البكتيريا الخضراء المزرقة ، والبكتيريا النباتية. ب- ذاتية التغذية كيميائية: تستخدم الطاقة الكيميائية الناتجة عن اكسدة وتحليل عناصر ومركبات غير عضوية، مثل الأمونيا لتثبيت ثاني اكسيد الكربون وصنع الغذاء. مثل بكتيريا النيتروباكتر.
- بكتيريا غير ذاتية التغذية : تحصل على غذائها عن طريق تحليل المركبات العضوية الجاهزة كالكربوهيدرات والبروتينات التي تحطمها وتمتصها، ومن الأمثلة على هذا النوع من البكتيريا، البكتريا المتطفلة والرمية.