من اهم عيوب نموذج رذرفورد هو ان الإلكترون عند اقترابه من النواه يفقد طاقته تدريجيا حتي يفقدها تماما وتنهار هذه الذرة، ويلتصق الإلكترون بالنواه وهو امر غير حقيقي بالطبع ولا يتفق مع قوانين الفيزياء. كذلك فمن اهم عيوب النموذج انه لم يقدم تفسيرا منطقيا او حقيقيا للطيف الخطي .