يبدأ هضم البروتينات في المعدة؛ حيث تتحلّل البروتينات بواسطة إنزيمات الى مركبات أقل تعقيداً تسمى البيوتونات، والبريتوزات، وفي الجزء العلوي من الأمعاء الدقيقة يتمّ تحليل البيتون والبرويتوز إلى أحماض أمينية ثنائية تسمى ببتايد بواسطة إنزيم التريسين الموجود في عضو البنكرياس، ثم إلى أحماض أمينية أحادية بواسطة إنزيم الأيرسين الموجود في الأمعاء. يتمّ امتصاص الأحماض الأمينية من جدار الأمعاء الدقيقة لتحمل إلى الدم بمساعدة فيتامين ب6 "بيريدوتسين"، ومن ثمّ إلى الوريد البابي، ومن ثمّ إلى الكبد، وإلى أنسجة الجسم لتأخذها الخلايا المختلفة للقيام بوظائفها المختلفة، وبعد ذلك تنتج البولينا التي تفرز مع البول. توجد أيضاً بعض البروتينات التي تتمكّن من اختراق جدار الأمعاء مباشرةً إلى الدم، وتتسبّب عند حدوث هذا تفاعلات غير عادية تظهر نتيجتها بعض الأعراض المعروفة بالحساسية، مثل حساسية البيض، والأسماك وغيرها.